与后金战斗的屡屡失败，林丹汗决定安内。而如何安内，他并不得要领。成吉思汗当年的崛起，在于这位一代天骄有着高于祖先的智慧。他打破了蒙古贵族各领一部，松散聚合的传统，发明了“万户”制度。将各个部落的限制打破，由自己亲自任命的将领率领各个万户进行作战，使得军令统一，令行禁止。一个人口稀少的游牧民族被他打造成了无坚不摧的战争机器。
这与努尔哈赤的祖先完颜阿骨打发明的“蒙安谋克”制度如出一辙。一个弱小民族想要变得强大，除了用新的制度把他们原有的组织打乱，然后用新的组织完全团结在一起别无他法。努尔哈赤便是用八旗制度对女真民族重新洗牌，从而再造了民族的辉煌。而林丹汗却既不懂得向祖先学习，也不懂得向敌人学习。他所能直接指挥的察哈尔八大营，完全是成吉思汗统一蒙古前的状况，各部贵族分封而治，对自己的部落有完全治权。
从始至终，林丹汗都没能把五指聚合成一个拳头。这才是马上民族的蒙古骑兵每每遇到半农半牧的八旗骑兵便大败亏输的原因。决定安内的林丹汗计不至此，总认为力量不济的原因在于自己不能号令整个蒙古。于是，安内第一目标，他锁定在了死心塌地归附后金的科尔沁部身上。
如果说汉人明帝国的崩溃，和大量的汉奸的努力是分不开的话。北元蒙古的覆亡，也得益于众多蒙奸与后金的精诚合作。科尔沁部首领奥巴，便是蒙奸的代表人物。在与后金联姻的蒙古各部中，科尔沁较为特殊，其他人都可说是自保的权宜之计，而他却是自觉自愿的背叛了自己的民族。年，奥巴觉得联姻还不过瘾，干脆和后金举行了会盟，将矛头直指蒙古共主林丹汗。这标志着，科尔沁完全和林丹汗决裂，脱离了蒙古阵营。
对林丹汗来说，不剪除内奸，安内无从谈起。于是厉兵秣马，决定武力解决科尔沁。但作为共主，他还是做了最后的和平努力，年，派卓尔济喇嘛前往科尔沁，与奥巴谈判，希望科尔沁能够回头，但结果是不欢而散。是年十一月，林丹汗开始组织东征，调主力山阴察哈尔和山南察哈尔两路并举，计划在十一日会合，十五日出征。同时，向喀尔喀联盟发出命令要求他们参战。
然而，林丹汗东征科尔沁的计划，却让内喀尔喀联盟盟主卓里克图洪巴图鲁感到了不安，他完全清楚，如果林丹汗彻底控制了科尔沁，必然实力大增，那时，自己就不再是有条件的服从而是要令行禁止不得违抗了。但要公然帮助科尔沁这个蒙古的叛徒，又说不过去。于是，这个糊涂的老人开始了暗箱操作。当林丹汗正在集合兵马的时候，不但喀尔喀联盟只有扎鲁特部出兵帮忙。而且，他的部队何时会合，何时出征，走哪条路线，主攻方向是哪里等等军事情报，全都通过卓里克图洪巴图鲁传到了奥巴的耳朵里。
奥巴得报，知道自己不是林丹汗的对手，连忙向后金求援，努尔哈赤自然不能让归附于自己的人失望，亲率大军增援。林丹汗未战而失先机。十一月初五，林丹汗率部抵达科尔沁境内，科尔沁贵族们不战而溃，四处奔逃。林丹汗兵临奥巴的治所格勒珠尔根城下，四面包围，昼夜攻城。奥巴深知，一旦城破，自己决不会有好下场，因此抱定“死则一命；干则一尘”[12]的信念，拼死固守城池。林丹汗围攻数日不能克。
而努尔哈赤初十日便抵达镇北堡，大军驻扎后，派莽古尔泰率领五千精骑驰援，是夜便到达农安塔，出现在林丹汗侧后。钝兵坚城之下，又有腹背受敌的危险，林丹汗无奈，只得撤围。攻而不能胜，又不能打援，撤退似乎是明智的选择。然而，历史却给林丹汗开了一个大玩笑。《满文老档》中留下的记载，让后人看到，努尔哈赤这次支援科尔沁，仅仅是表明一种姿态，他在镇北堡之后稍作休整便北返，给莽古尔泰的命令也是到农安塔为止，不得再前进。如果林丹汗破釜沉舟，科尔沁的覆灭也就是注定的了。
可惜，林丹汗并不知道这一切，现在的他除了对功亏一篑的遗憾，便是对卓里克图洪巴图鲁暗中作梗的恼怒。看着林丹汗的功败垂成，卓里克图洪巴图鲁也许还在暗自庆幸自己的得逞——拿不下科尔沁的林丹汗，对自己暂时是不会有威胁的。老人一般会老谋深算，但衰老的脑子也会是顽固、短视的，卓里克图洪巴图鲁葬送了林丹汗的东征，而自己不但让林丹汗恨之入骨，更是首当其冲面对着后金的强大攻势，给自己和部族带来了灭顶之灾。
林丹汗东征失败后不到半年，年四月，努尔哈赤以大贝勒代善为先锋，兵分八路进攻喀尔喀联盟诸部。卓里克图洪巴图鲁这时才发现自己无处求援，只得率主力与努尔哈赤会战于西拉木伦河。草原上战斗力最强的林丹汗尚且屡败于八旗军，卓里克图洪巴图鲁的孤注一掷自然也不能抵挡征服的铁蹄。一场激战之后，卓里克图洪巴图鲁的侄孙囊努克被杀，部众死伤被俘殆尽，牲畜物资被抢掠一空。喀尔喀联盟乌齐叶特部至此覆灭。
后金军乘胜追击，又先后破扎鲁特、巴林等部，各部首领不是战死便是被俘，相继溃灭。卓里克图洪巴图鲁走投无路，只好率残部投奔林丹汗，希望能得到他的庇护。而林丹汗却没有原谅他，乘其穷极来投，兼并了他的人马，并出兵将喀尔喀其他各部被后金击溃的部众收归自己管辖，“服从者收之，拒敌者被杀”，用铁血给予喀尔喀联盟最后一击。原本在草原上有举足轻重位置的内喀尔喀五部，在后金和林丹汗的交替打击下，烟消云散。
这一年八月，后金开国可汗努尔哈赤病逝，给他的子孙留下了一个蒸蒸日上的国家。他死前发动的对于明和蒙古的两次战争，可说喜忧参半。宁远之战，是他最大的失败，也是终身的遗憾。而针对喀尔喀的战争，则是彻底孤立林丹汗，完全吞并漠南蒙古地区的关键一步。然而，陶醉于扩充属民的林丹汗还认为努尔哈赤帮了自己一个大忙——若即若离的喀尔喀联盟被干净彻底的解决掉了，林丹汗对各部属民设置“达鲁花赤”，实施直接监管。对于安内的政策来说，似乎是很好的成绩。
但喀尔喀各部与科尔沁不同，虽然有过过错，但毕竟是坚决抵抗后金的中坚力量，不止一次的和林丹汗并肩战斗过。何况，他们是在后金的侵略之下而溃散的，本应该得到蒙古共主的怀柔。林丹汗的铁血政策，不但让喀尔喀各部属民伤心，更上原本就矛盾重重的察哈尔本部八大营愈加动荡不安。
浑水摸鱼，是政治高手的惯用手段。而继承努尔哈赤的皇太极，军事能力稍逊乃父，政治能力却还要高明，自然不会错失这个机会。登基不久，皇太极便着手对察哈尔本部的分化瓦解工作。年初，黄教的乌木萨特绰尔济喇嘛受其指派，到八大营中的奈曼、敖汉两部进行拉拢。
两部首领都是林丹汗近支，对于汗廷都是忠心耿耿，虽然对于林丹汗的政策不满，却也不愿背叛。但看到察哈尔内部不稳，后金又咄咄逼人，奈曼部首领衮楚克巴图鲁便希望在林丹汗和后金之间作个调人，促成双方和解，给蒙古以修养生息的机会。于是和敖汉部首领岱青杜棱一起遣使后金，提出讲和。
皇太极当然不会同意讲和，但他却把敖汉、奈曼两部遣使后金的消息透露给林丹汗。这出反间计简直就是日后明朝袁崇焕被杀的翻版，只不过早了三年。林丹汗见到自己近支的叔父辈老人竟然也会暗通后金，愤然举兵功掠敖汉、奈曼等部，连克什克腾部也受到牵连。
这莽撞的举动正入了皇太极的彀中。敖汉、奈曼两部首领受到这样的打击，心灰意冷，于是年9月“以数万人东投建虏”。虽然各部属民不愿意跟着首领们背叛大汗，“其部分不肯往，多西投虎墩兔”，可此事件使得察哈尔本部动摇。林丹汗的统治基础开始崩坏。
东面的喀尔喀联盟已经不复存在，内部的整合不但没有完成，反而更加混乱，作为盟友的明朝在战略上实施收缩，自己已经孤立无援。面对后金步步紧逼，林丹汗决定西迁，暂避后金锋镝，待将西面土默特、永邵布、蒙郭勒津、鄂尔多斯等部收服后再做计较。
年三月底四月初，林丹汗以多罗特部留守故地，自己率数十万部众西迁，拉开了他人生，也是蒙古历史上的大悲剧序幕。
